Введение
Это не конкуренция гуглу, википедии и другим почтенным и широко извесным сайтам, а мой личный донжуанский список.
Программы
Прокси-сервера
- Squid Кэширующий прокси-сервер

- Privoxy Некэширующий прокси-сервер / баннерорезка


- Varnish Веб-акселератор (прокси со стороны сервера)
Базы данных
- MySQL – опенсорсная РСУБД, зохаванная корпорацией Oracle


- MySQLTuner – PERLовый скрипт для анализа и оптимизации конфигурации MySQL


- Postgresql – опенсорсная РСУБД, мощнее и сложнее MySQL


- PgBackRest – Утилита/сервис резервного копирования для Postgresql


- PgBadger – Анализатор логов для Postgresql, ищущий проблемы с производительностью


- postgresqltuner – PERLовый скрипт для анализа и оптимизации конфигурации Postgresql


- Percona.com – не софт, но фирма, которая поддерживает опенсорсный софт - MySQL, MongoDB, Postgres...
- MongoDB – объектно-ориентированая база данных


- Redis – ещё одна объектно-ориентированная база данных


Шифрование и защита информации
- GNU privacy guard Программа GNU Privacy Guard, которой я пользуюсь (официальный сайт)



- OpenKeychain - аналог GNU Privacy Guard для Android

- KeepassXC – менеджер паролей. Как брелок – за один раз позволяет скомпрометировать всю связку. Кроссплатформенная.




- VeraCrypt – программа шифрования дисков, флэшек, разделов...




Mesh и VPN
- IPFS – InterPlanetary File System, распределённое хранилище данных (открытое). Кроссплатформенные клиенты.



- I2P – "Невидимый интернет", протокол и система для анонимизации обмена информацией.



- Purple I2P – полнофункциональная реализация I2P клиента на языке C++. https://github.com/PurpleI2P/i2pd

- Yggdrasil – оверлейная меш-сеть с шифрованием https://github.com/yggdrasil-network/yggdrasil-go




- Alfis – DNS для Yggdrasil на основе блокчейна. Написана на Rust.



- Mastodon федеративная социальная сеть https://github.com/mastodon/mastodon



- Matrix (network) ещё одна федеративная соцсеть. Сайт со статьями на русском https://ru-matrix.org/
- OpenWRT – Встроенная ОС для маршрутизаторов, точек доступа и т.п. на основе Linux
- Meshtastic – мессенджер, радиомодем и самоконфигурирующаяся сеть на основе протокола LoRa (433 и 868 МГц)
- Shadowsocks – SOCKS-подобный прокси с возможностью обфускации (например, v2ray plugin)



Примечание про Alfis
Генерация ключа требует времени (в часах) ориентировочно 2400/(V*Ncores), Ncores - количество используемых ядер процессора, задаётся в конфиге, V - скорость перебора хешей, показывается в логах при запуске 'alfis' с ключом '-d'
Почта
- Sendmail Классический MTA (почтовый сервер) FTP


- Postfix тоже MTA.


Exim ещё один распространённый MTA. 

- Dovecot Для разнообразия - MDA, POP и IMAP сервер.


- Fetchmail Ласковое теля для высасывания почты со многих почтовых серверов.


- Procmail Обработчик электронной почты. Как правило, локальный MDA


Языки и библиотеки
Lua – католический язык программирования. Расширяемый, встраиваемый и вообще крутой. 
Lua – Католический язык программирования – православныйрусскоязычный сайт.
Git – система управления версиями 


- PERL – язык программирования. Кроссплатформенный.
- PERL.com – статьи о PERL на сайте O'Reilly
- CPAN – архив модулей для PERL
- PERL Mongers – the Perl Mongers
- PerlBrew – Инструмент для установки PERL и, главное, его модулей в свой домашний каталог (то есть без root-овых прав)
- App-perlbrew@github – Он же на GitHub
- Mojolicious – Фреймворк для разработки CGI и вообще web-приложений на PERL


- R language – язык программирования для статистического анализа.


- ggplot2 – подсистема рисования графиков для языка R
- R Studio – опенсорсные программы от разработчика R Studio
PHP – язык программирования для CGI-скриптов, разработки сайтов и т.п. 

- Python – объектно-ориентированный и кроссплатформенный язык программирования




- Anaconda – Python/R дистрибутив для работы с данными, включает в себя кроме языков программирования несколько тысяч библиотек
- NumPy – пакет научных вычислений на (и для) Python
- AstroPy – пакет астрономических вычислений для Python, входит в Anaconda
- Pandas – высокоуровневая (поверх NumPy) библиотека работы с данными на Python
- Python-markdown – модуль Python для работы с разметкой MarkDown
- Matplotlib – система рисования графиков и диаграмм для языка Python
- Go/golang – компилируемый многопоточный язык программирования, разработанный специалистами корпорации Google для создания высокоэффективных программ, работающих на современных распределённых системах и многоядерных процессорах.






Веб
Сервера
Apache.org – Сайт Apache software foundation
Apache httpd – Что это такое, вы наверняка знаете 

JMeter – Приложение для нагрузочного тестирования 

Nginx – Энджин-икс – httpd, быстрый и стойкий к нагрузке.

Lighttpd – Лёгкий и быстрый httpd 

Cherokee – Ещё один httpd? разработчики обещают конкурента nginx-у https://github.com/cherokee/webserver 

- FastCGI – ЭТИМ пользуется каждый уважающий себя веб-сервер: протокол/приложение для передачи выполнения CGI-скриптов отдельному процессу/процессам.


Тестирование, статистика и т.п.
- Awstats – анализатор логов веб-сервера. Крайняя версия 7.4, нуждается в допиливании напильником (HTML-файлы генерирует криво, стиль надо править)


- Webalizer – Ещё один анализатор логов веб-сервера


- Visitors – Анализатор логов веб-сервера, работает без конфига, управляется ключами


- Sarg – Для разнообразия – анализатор логов прокси-сервера Squid


Мониторинг
- top – утилита из пакета procps для мониторинга процессов


- nmon – аналог top с расширенными возможностями


Munin – один из воронов Одина. Но здесь это средство мониторинга ресурсов хоста 

- RRDTool – Инструмент для сбора и хранения логов и построения графиков по ним. Связан с Munin-ом


- Zabbix – Ещё один инструмент мониторинга ресурсов, с агентами, прокси, графиками и оповещениями
- Nagios – Архикрутой инструмент мониторинга ресурсов


- Cacti – Система мониторинга загруженности серверов и сетевой инфраструктуры.


- Collectd – Ещё демон мониторинга нагрузки на сервер


- Grafana – система визуализации данных, в том числе мониторинга
- Prometheus – система сбора и хранения данных в виде временных рядов (TSDB), используемая для мониторинга как источник данных для Grafana. На Гитхабе https://github.com/prometheus/prometheus
- node exporter – агент, собирающий информацию о хосте для Prometheus. На Гитхабе https://github.com/prometheus/node_exporter
- Nginx prometheus exporter – агент, собирающий информацию о сервере nginx для Prometheus. На Гитхабе https://github.com/nginxinc/nginx-prometheus-exporter
- Gitlab prometheus exporter – агент, собирающий информацию о Gitlab для Prometheus. На Гитхабе https://github.com/mvisonneau/gitlab-ci-pipelines-exporter
- Loki – связанная с Prometheus система сбора и анализа логов. На Гитхабе https://github.com/grafana/loki
Сеть и разные средства работы с ней
- fping – ping по многим адресам одновременно


- iperf3 – средство загрузить сеть до предела и померять её производительность


- Nikto – Сканер уязвимостей веб-сервера и вообще хоста в сети


- Wireshark – Анализатор сетевого трафика



- Nmap – Сканер портов, обнаруживающий уязвимости


- Hashcat – утилита восстановления паролей из хэша; требует графического ускорителя и OpenGL


- hcxdumptool – утилита для анализа WiFi пакетов


- hcxtools – утилиты, готовящие файлы для hashcat


- Kismet – пакет программ для сканирования эфира (WiFi, Bluetooth etc)


Messengers
- Pidgin – многопротокольный (Jabber/XMPP, Bonjour, Gadu-Gadu, IRC и т.п.) мессенджер со множеством плагинов
- Element – мессенджер для федеративной сети Matrix
- Tox – protocol
- TRifa – reference implementation of c-toxcore and a Tox client for Android.

- qTox – client written for the toxcore, authored by Tux3.



- aTox – modern Tox client for Android.

- µTox – лёгкий и кросс-платформенный клиент Tox

- toxic – клиент Tox для текстового режима


- clitox – клиент tox, работающий из командной строки


- ToxBot – бот для организаций групп (чатов) между подключившимися к нему


- EchoBot – эхо-бот для тестирования аудио- и видеозвонков в Tox


- Tox crawler – краулер, то есть программа, опрашивающая tox DHT узлы и сохраняющая в лог их список


CMS и багтрекеры
- Wordpress – Опенсорсная CMS на PHP+MySQL


- Drupal – Опенсорсная CMS на PHP+MySQL/Postgres


- Joomla – Опенсорсная CMS на PHP+MySQL


- Mantis bug tracker – багтрекер на PHP+MYSQL, автоматизация работы сисадминов


- OTRS – багтрекер на PERL (есть коммерческая версия и есть бесплатная)


- YouTrack – управляло разработкой (задачи, проекты, процессы, баги...)


- Dependency Track – система отслеживания уязвимостей, написана на Java


Обработка изображений и компьютерная графика
- Blender – 3D-рисовалка, позволяет делать анимацию с нуля



- POV-Ray – превращает модели в изображения методом трассировки лучей



- OGRE – ещё один рендер, тоже опенсорсный и фриварный



- GIMP – растровая рисовалка (конкурент фотошопа)



- Inkscape – векторная рисовалка


- ImageMagick – утилиты командной строки для работы с изображениями


- OptiPNG – утилита, оптимизирующая PNG-файлы - минимизирующая размер


- Fawkes – программа клоакинга лиц (затрудняющая обработку портретов системами распознавания). Написана на питоне, есть на githab-е



- GNU Octave – опенсорсная система символических вычислений и построения графиков со скриптами, совместимыми с Mathlab



- gnuplot – многоплатформенная система построения графиков и диаграмм, разрабатывается с 1986 г.



- LabPlot – многоплатформенная программа для построения графиков и диаграмм, разрабатывается в рамках проекта KDE



- SciDAVis – форк (?) и аналог LabPlot



- Stable Diffusion v1.4 – нейросеть для генерации/модификации изображений фотореалистичных и имитирующих различные стили рисования; Github и оптимизированный для экономии памяти форк
- Saifu Diffusion v1.3 – нейросеть для генерации/модификации аниме персонажей
- Anythyng v3.0 – нейросеть для генерации/модификации изображений в стиле аниме
Other
Jenkins – инструмент для непрерывной интеграции (автоматизированная сборка и тестирования 
- Jenkins-PHP Шаблон для работы над PHP-проектами под Jenkins
SubverisonEdge – SVN-сервер от CollabNet 

- Syncthing.net – кроссплатформенная система синхронизации файлов и каталогов между устройствами




- Syncthing.net на github.com – он же на Гитхабе
- BlueFish – Кроссплатформенный редактор с подсветкой синтаксиса и прочими плюшками



- Notepad++ – Windows-редактор с подсветкой синтаксиса и прочими плюшками

Firefox – Firefox. Надеюсь, не надо объяснять, что это браузер 



- Thunderbird – Thunderbird, почтовый клиент тоже от Мозиллы.
- Opera – Другой броузер




- Chromium – Броузер от гугла с доступными сырцами




- Pelican – генератор статических сайтов на Python с плагинами и темами
- Sphinx Генератор статических сайтов на Python, заточен под документацию.
- Jinja2 – язык шаблонов, применяемый во многих пакетах для генерации текстовых файлов, конфигов и т.п.
- Ansible – Инструментарий управления конфигурациями на множестве компьютеров


- MySQL – опенсорсная РСУБД, зохаванная корпорацией Oracle


- Postgresql – опенсорсная РСУБД, мощнее и сложнее MySQL


- PgBackRest – Утилита/сервис резервного копирования для Postgresql


- PgBadger – Анализатор логов для Postgresql, ищущий проблемы с производительностью


- postgresqltuner – PERLовый скрипт для анализа и оптимизации конфигурации Postgresql


- Percona.com – не софт, но фирма, которая поддерживает опенсорсный софт - MySQL, MongoDB, Postgres...
- MongoDB – объектно-ориентированая база данных


- Redis – ещё одна объектно-ориентированная база данных


- Docker – система виртуализации с большой коллецией образов под разные задачи



- SolveSpace – своеобразная CAD-система, опенсорсная и есть в snap store


- XEphem – планетарий и вообще программа для астрономов, опенсорсная, разрабатывается с 1990 года


- Stellarium – планетарий с плагинами, OpenGL и кучей других удовольствий



- xplanet – рисовалка поверхности планет


- kstars – планетарий



- ClickHouse – специфическая т.н. столбцовая СУБД для онлайн-обработки аналитических запросов
- Traefik – фирма, выпустившая несколько интересных программных продуктов, например, Traefik Proxy
- Plausible – опенсорсная статистика посещения вебсайтов, облачная и on-site
- FileZilla – клиент FTP, FTP over TLS, SFTP



- GNURadio – опенсорсная программа для обработки сигналов с помощью SDR



- Xen – гипервизор (виртуальные машины, облака и другие удовольствия виртуализации


- QEMU – другой гипервизор (виртуальные машины и т.п.)


- httrack – инструмент для скачивания сайтов с преобразованием ссылок, сохранением картинок и другими удовольствиями



- sigrok – инструмент для работы с логическими анализаторами, осциллографами, мультиметрами и т.п.



- sakura – эмулятор терминала на основе GTK и libvte


- alacritty – эмулятор терминала с поддержкой OpenGL на Rust


- zutty – эмулятор терминала с поддержкой OpenGL на C++


Дистрибутивы
- RedHat – Старая, добрая и коммерческая красная шляпа, корень из которого произросли многие другие дистрибутивы
- CentOS – RHEL-подобный дистрибутив
- Debian – Другой давно и хорошо известный дистрибутив со своим менеджером пакетов и множеством потомков (форков)
- Ubuntu – Debian-based дистрибутив от Canonical
- Kali – дистрибутив для хакеров с подборкой разных специфических утилит
- Parrot – ещё один дистрибутив для хакеров с подборкой разных специфических утилит
- Qube OS – Операционная система повышенной безопасности на основе xen и Linux
- FreeBSD – красный сатана!
- OpenBSD – и его форк повышенной устойчивости
